D级净化空调系统主要服务于二更间、培养基的灭菌以及无菌衣物的洗涤，系统回风，与活菌区保持5～10Pa的正压差。

C级净化空调系统主要服务于活菌区的接种、菌种培养、菌丝体收集、高压灭菌、瓶塞洗涤灭菌、工具清洗存放、三更、缓冲间的空气净化。该区域保持相对负压，空气全新风运行，排风系统的空气需经高效过滤器过滤，以防止活菌外溢。

B净化空调系统主要服务于净瓶塞的存放、配液、灌装加半塞、冻干、化验。该区域为无菌区，系统回风。

除空调系统外，该车间在建筑密闭性、纯化水和注射水的管道布置、污物排放等方面也有防止交叉污染的措施。